Khoảng 22 giờ ngày 31 tháng 12 năm 2015, linh mục Đặng Hữu Nam khi còn làm chánh xứ Tân Yên, giáo phận Vinh đã bị lực lượng công an Nghệ An mặc thường phục bất ngờ tấn công khi đang trên đường đi khám bệnh về nhà. Khi ông đi gần tới nhà xứ đang trên địa bàn xã An Hòa, huyện Quỳnh Lưu, tình Nghệ An, thì linh mục bị một nhóm côn đồ khoảng 4 người lao vào đánh đập. Trong số đó, người dân nhận ra có ông trưởng công an xã An Hòa. Người dân sống gần đó đã kịp thời ra tiếp ứng khi biết tin ông bị nạn và đã bắt được một kẻ tấn công. Linh mục Nam đã giao kẻ côn đồ này cho công an huyện xử lý.

Ngày 4 tháng 8 năm 2016, khi linh mục Nam ra Hà Nội nhằm mục đích chữa bệnh. Sau ông Nam dùng cơm trưa ở đường Trần Thái Tông, quận Cầu Giấy, Hà Nội thì có mấy người an ninh mặc thường phục đến tự xưng là công an quận Cầu Giấy rồi bắt, cưỡng chế ông lên taxi đưa đi. Nhưng đến 5 giờ tối giờ Việt Nam cùng ngày, linh mục Nam đã được nhà cầm quyền Hà Nội thả tự do sau hơn 4 giờ đồng hồ bị tạm giữ với lý do có tin ông “kích động biểu tình”.[3]

Ngày 18 tháng 10 năm 2016, linh mục Nam mang theo 506 đơn kiện đã bị trả cùng 506 đơn khiếu nại đơn quyết định trả đơn của tòa án và 100 bộ đơn mới mà ngư dân mới làm đi cùng một số người dân từ Nghệ An đến tòa án huyện Kỳ Anh để nộp đơn kiện công ty Formosa. Nhưng họ đã bị công an và an ninh chặn đường không cho đi, theo ngư dân thì họ còn bị đánh đập.[4]